Name: Solyc01g090430
(Exon Intron)
Length: 4809
TCTTCTTCTGAGCATAATTCTCTTCTTCTCCAAGAAATCAATCGAAAAAAAAAAAAGGAAAACAATATGGTTGATGTAGGGGTTGAATTTCTGTTAGAGAACTTGAAGCAATTGGTACTGGACAATGTGGAGTTAATCGGAGGAGCTAAAGATGAAATCGAGAATCTGCGTGATGATTTGAGTGAATTCAATGCCTTTCT
CAAGCAAGCTGCAATGGTCCGCAGCGAAAACCCAGTTCTCAAAGAACTAGTGAGGAGTATCAGAAAAGTGGTGAATCGTGCTGAAGATGCTGTTGATAAA
TTTGTAATTGAAGCTAAAGTTCATAAAGACAAAGGGTTTAAAGGGGTTTTCGATAAACCTGGACATTATAGAAGAGTGAGGGATGCAGCTGTGGAGATTA
AAGGTATCAGAGATAAAATGAGAGAAATTCGGCAAAATAAGGCACATGGCCTTCAGGCTCTACTTCAAGATCATGATGATTCAATCAGCAGAGGTGGAGA
AGAGAGACAGGTATTGCTTCAAGTCGTTAATTTCGACAAAATTAGCTCATGAAAATATTAGGATCTGGTCAACACACCTATATTTGTGTGGGTTTATATA
TTAATTTGATCCACCTAATTCAGATCGTGTAAAAGTTTGAAACCAAATTAACCATGAGACAGGAAGATAAAAGTGAACGATATATTTATATGAGAACGAA
TTTTAGCCAACATATCCACAAAATGAGTATTTTATTTGGATTTGAATGAAACATTTGAATTATTAAGATATTGTTTCTGCATTTAAACACATGCATAATT
TATTCATTTGTAGAGATAAAGAAATTTATAATTCAAATGAAATAAAATTATTATTTAATTAAAAAAAAAGAGCCATTCATGTTTGCTAGTGATAATGAAG
ATAGATTTAAAGTGATGATGGTGGTAATGATTGGTATTAGTGAGTATTAATAGTCTAATGGTAATGATGATAGTTATAACGGTGGAGGTGGTTAGTGTTT
AGTAACTGGGGTGATGGTGGCGATTGATAGTGGTAATGGTGGTTAGTGTTTAGTAACTGGGGTGATGGTGGCGATTGGTAGTGGTAATGGTGGTTGGTTG
ATGTTAATATTTGGCGGTGGCTAAAAAATGTGTGACGCTCCACAATATGTTAGTGGTGCTAGTTGTGATGCATGATGGGAGAATGATAGTAGAGATTGAT
CGCAATGATGATAGTGGCGGTGGATGCATGCGGTGATGACATTTGATATATTTATAATATTTAAGATGGTAAGTGTACTAGCGAATGAAAGTTGTAATTG
GCATCAGTGATGGTGTTTGACGATGGTAATGATGATGATGATTGTGATGACAAAATTGGTTATTGGTGGTAGCTAGTGATCATATAGTGATTGTGAAAAT
TATGCATACACTTAATACTATTAAGACACTGTTCAAGATCCAAATGACTAAGAGCTATTCAAATCAAATACTAATGCTGAAATCTTAATACGAACAAATA
CACTTAACAGATCGTAGTTCTGAATCATTCCGATTCCTACCTAATGCAAACAAATGAGGTTATATGGCTTTAAACGATTGGACATTATTATAATAGTTAT
GCCTTTAGTGTTTGTAATCCAACTTTGCTGCTATAGTTGACCTATCCTTTTCTGCTGCAGGCACAAATGCATAATATAATACTACTATATTTTTTGGTTG
TATGTTCTTTTTCTTGCCAATATTACTTAACTTTCATATGTTTAATCTTTATCTTTGCTATTTTAAAAGCCTCCTGTGGTTGAGGAAGATGATGTGGTGG
GCTTTGACGATGAGGCGCAGACGGTAATCGACCGTCTTCTTGAAGGATCAGGTGATTTAGAGGTTATTCCAGTAGTTGGAATGCCTGGTCTTGGCAAAAC
TACACTAGCCACTAAGATCTTCAAGCATCCGAAGATTGAGTACGAGTTCTTTACTAGACTTTGGCTTTACGTTTCCCAATCATACAAGACAAGAGAATTA
TATCTTAACATCATCAGTAAATTCACCGGAAACACCAAACATTGCCGTGATATGTCTGAAAAGGATTTAGCTCTTAAGGTACAAGAGATTTTGGAAGAAG
GAGGAAAATACTTGATTGTCTTGGATGATGTCTGGTCGACAGATGCTTGGGATCGTATCAAGATTGCTTTCCCGAAAAATGACAAGGGCAATAGAGTATT
GTTGACTACTCGAGACCACCGTGTTGCAAGATATTGCAATAGGAGTCCACATGATTTAAAATTTCTGACTGATGAAGAGAGTTGGATTTTACTGGAGAAA
AGAGCTTTTCACAAAGCTAAATGTCTCCCCGAATTGGAAACAAACGGAAAAAGCATAGCCAGGAAGTGTAAAGGACTACCCCTTGCTATTGTGGTGATTG
CAGGAGCTCTAATTGGGAAAAGCAAAACAATAAAGGAATGGGAGCAAGTGGATCAGAGTGTGGGCGAACATTTCATAAATAGAGATCAGCCAAATAGTTG
TGATAAATTGGTACGGATGAGTTATGATGTTTTGCCTTATGACTGGAAAGCTTGCTTTTTATACTTCGGTACATTCCCCAGAGGCTATTTAATCCCTGCC
AGGAAATTGATCCGCTTATGGATCGCGGAAGGGTTTATCCAGTACAGAGGGGACTTATCCCCTGAGTGTAAAGCAGAGGAGTACTTGAATGAACTCGTAA
ATAGAAACTTAGTGATGGTAATGCAAAGGACGGTTGATGGACAAATCAAAACTTGTCGTGTTCATGACATGTTGTATGAGTTTTGCTGGCAAGAGGCTAC
GACAGAGGAAAATCTTTTCCATGAAGTAAAATTCGGTGGTGAGCAATCTGTTCGTGAAGTATCCACTCATCGTCGCTTGTGCATTCATTCCTCTGTTGTG
GAGTTCATTTCTAAGAAGCCCTCTGGTGAGCATGTTAGGTCGTTCCTATGTTTTTCTCCAGAAAAAATTGACACTCCCCCAACTGTCAGTGCAAACATAT
CAAAAGCCTTTCCATTGCTAAGGGTGTTTGATACTGAATCCATCAAAATCAATCGCTTTTGCAAGGAGTTCTTTCAATTGTATCATCTGAGGTATATTGC
TTTCTCATTTGACTCGATTAAAGTCATTCCGAAACATGTTGGGGAACTTTGGAACGTACAAACCCTCATTGTCAACACACAACAGATCAACCTTGATATT
CAAGCAGACATATTGAACATGCCCCGGCTGAGGCATCTGCTCACCAACACGTCTGCTAAATTGCCTGCGCTTGCTAACCCCAAAACAAGTAAGACTACCT
TGGTAAATCAAAGCCTGCAAACCCTCTCCACAATTGCACCAGAAAGCTGCACTGAGTATGTTCTCTCGAGGGCTCCAAACTTGAAAAAACTGGGCATTCG
TGGAAAAATAGCTAAGCTAATGGAACCAAGTCAGTCTGTATTGTTGAACAATGTTAAGAGGCTGCAATTTCTTGAGAACTTGAAGCTGATAAATGTTGGT
CAGATTGATCAGACACAATTACGCCTTCCTCCAGCATCTATATTTCCAACAAAGTTGAGGAAGCTGACTTTATTAGATACCTGGTTGGAGTGGGATGATA
TGTCTGTATTGAAACAGCTGGAGAACCTTCAAGTCTTGAAGCTGAAGGACAATGCATTTAAGGGAGAGAACTGGGAACTAAATGATGGAGGTTTTCCTTT
CCTACAAGTGTTATGCATTGAAAGGGCAAACTTAGTTTCTTGGAATGCTTCAGGTGATCACTTCCCGAGACTTAAACATCTTCACATATCATGTGATAAA
CTTGAGAAGATCCCCATTGGCCTGGCTGATATATGCAGCCTCCAAGTGATGGATTTGCGAAATTCCACTAAATCAGCAGCAAAATCTGCCAGAGAGATAC
AAGCCAAAAAAAACAAGCTGCAACCTGCTAAATCCCAGAAGTTCGAGCTTTCTGTATTCCCTCCTGATTCTGATGTACAGACAGCTTCTTAGAAAGGTTA
GTTAAATCTTCCCATAACATCAAACTCTTTGATTTGTGCTTTGTATTCCAAAATAAATGTTTAATTATCTGCTATCTCCCCTTTCCCAAGGAGCCTATGA
CTTGCTAAAAATACAAGCCAGTAGCATGAGATAGGAGTATCCAGTAACAATTTACACATCATTTGGAATAGTAATCGTAATATCAAATCGTGGTGATAAG
CTCATGCATGTTTTCTACATTTGCTATGACAGATGCTTATGAAATTACCTATGGATTTTCCGTTGCATTTTGTAATTATCACACTTTATGGCTTTTGATA
AAACTTCAGTTGGTAGTAGCATGTTCCTCCATTTTTCTTGGTTCATATTTTTTTTCCATTGTGACCTATTCGTCACAACTTACACCATGCTATTGGTACA
GGTCTAAAATAACCACATGCTGCAGGTTCAACCAGCCTGGTTGGCGCGCATGGTTTTTGCTTCATTTGGATCACTGCTTTCACAGTGAAACCTATTGCAT
TTCATAAGTGGAACGACTGATCCACGGTTTTGCAACTCTTTGGTTTCTTACTGTATTTGATGTGAGTTCATGTTTTATTGATTGTGGATGCAATGTGTCA
TCATAGCCAAGGAATAAGAACCAAATGTAACGTTCAAGAAATATCAGACATTGTTTCTTATAAGTTATACCACTCTGAATTTTCTCCTTTTAGATACAAC
AGCAGAACAAGTCACTTGTTCTGATTCATACACAATTTGATCATGTGTTATTATTTAAACAGCACTTCTGGTTTTTTATTTCCTACTATCATATTTGATT
GTGCAGTTG
The mutation and phenotype for selected feature: Solyc01g090430
Project Name:Using CRISPR/Cas9 to understand and improve the plant immune system (NSF-IOS 1546625)
Diseases of crop plants have major economic and environmental impacts because they decrease yields, reduce marketability of produce and require extensive pesticide applications. The overarching goal o...... Lab: Martin Lab ; Contact: Gregory Martin: gbm7@cornell.edu| Transformation | Genetic background | Construct | gRNA | Plant | Mutation | Phenotype |
|---|---|---|---|---|---|---|
| CRT0022 | RG-PtoR | CTG0022-1 | CGR0022-1 | CRT0022-6 (T0 ) | -1 bp (49.7%); -5 bp (46.6%) | |
| CRT0022 | RG-PtoR | CTG0022-1 | CGR0022-1 | CRT0022-6-2 (T1 ) |
-5 bp/-5 bp
Is tDNA present: No
Mutation sequence: TTCAATGCCTTTCTCAAGCAAGCTGCAATGGTCCGCAGCGAAAACCCAGTTCTCAAAGAACTAGTGAGGAGTATCAGAAA AGTGGTGAATCGTGCTGAAGATGCTGTTGATAAATTTGTAATTGAAGCTAAAGTTCATAAAGACAAAGGGTTTAAAGGGG TTTTCGATAAACCTGGACATTATAGAAGAGTGAGGGATGCAGCTGTGGAGATTAAAGGTATCAGAGATAAAATGAGAGAA ATTCGGCAAAATAAGGCACATGGCCTTCAGGCTCTACTTCAAGATCATGATGATTCAATCAGGTGGAGAAGAGAGACAGG TATTGCTTCAAGTCGTTAATTTCGACAAAATTAGCTCATGAAAATATTAGGATCTGGTCAACACACCTATATTTGTGTGG GTTTATATATTAATTTGATCCACCTAATTCAGATCGTGTAAAAGTTTGAAACCAAATTAACCATGAGACAGGAAGATAAA AGTGAACGATATATTTATATGAGAACGAATTTTAGCCAACATATCCACAAAATGAGTATTTTATTTGGATTTGAATGAAA CATTTGAATTATTAAGATATTGTTTCTGCATTTAAACACATGCATAATTTATTCATTTGTAGAGATAAAGAAATTTATAA TTCAAATGAA Mutation alignment: CRISPR-generated mutation natural variation gRNA exon |
|
| CRT0022 | RG-PtoR | CTG0022-1 | CGR0022-1 | CRT0022-6-4 (T1 ) |
-1 bp/-1 bp
Is tDNA present: No
Mutation sequence: TTCTCAAGCAAGCTGCAATGGTCCGCAGCGAAAACCCAGTTCTCAAAGAACTAGTGAGGAGTATCAGAAAAGTGGTGAAT CGTGCTGAAGATGCTGTTGATAAATTTGTAATTGAAGCTAAAGTTCATAAAGACAAAGGGTTTAAAGGGGTTTTCGATAA ACCTGGACATTATAGAAGAGTGAGGGATGCAGCTGTGGAGATTAAAGGTATCAGAGATAAAATGAGAGAAATTCGGCAAA ATAAGGCACATGGCCTTCAGGCTCTACTTCAAGATCATGATGATTCAATCAGCAAGGTGGAGAAGAGAGACAGGTATTGC TTCAAGTCGTTAATTTCGACAAAATTAGCTCATGAAAATATTAGGATCTGGTCAACACACCTATATTTGTGTGGGTTTAT ATATTAATTTGATCCACCTAATTCAGATCGTGTAAAAGTTTGAAACCAAATTAACCATGAGACAGGAAGATAAAAGTGAA CGATATATTTATATGAGAACGAATTTTAGCCAACATATCCACAAAATGAGTATTTTATTTGGATTTGAATGAAACATTTG AATTATTAAGATATTGTTTCTGCATTTAAACACATGCATAATTTATTCATTTGTAGAGATAAAGAAATTTATAATTCAAA TGAAATAAAATTATTATTTAATTAAAAAAAAAGAGCCATTCATGTTTGCTAGTGATAATGAAGATAGATTTAAAGTGNTG N Mutation alignment: CRISPR-generated mutation natural variation gRNA exon |
|
| CRT0022 | RG-PtoR | CTG0022-1 | CGR0022-1 | CRT0022-7 (T0 ) | -2 bp (46.7%); -8 bp (50.6%) | |
| CRT0022 | RG-PtoR | CTG0022-1 | CGR0022-1 | CRT0022-7-3 (T1 ) |
-8 bp/-8 bp
Is tDNA present: No
Mutation sequence: GAAAACCCAGTTCTCAAAGAACTAGTGAGGAGTATCAGAAAAGTGGTGAATCGTGCTGAAGATGCTGTTGATAAATTTGT AATTGAAGCTAAAGTTCATAAAGACAAAGGGTTTAAAGGGGTTTTCGATAAACCTGGACATTATAGAAGAGTGAGGGATG CAGCTGTGGAGATTAAAGGTATCAGAGATAAAATGAGAGAAATTCGGCAAAATAAGGCACATGGCCTTCAGGCTCTACTT CAAGATCATGATGATTCAATCAGCAGAAGAGAGACAGGTATTGCTTCAAGTCGTTAATTTCGACAAAATTAGCTCATGAA AATATTAGGATCTGGTCAACACACCTATATTTGTGTGGGTTTATATATTAATTTGATCCACCTAATTCAGATCGTGTAAA AGTTTGAAACCAAATTAACCATGAGACAGGAAGATAAAAGTGAACGATATATTTATATGAGAACGAATTTTAGCCAACAT ATCCACAAAATGAGTATTTTATTTGGATTTGAATGAAACATTTGAATTATTAAGATATTGTTTCTGCATTTAAACACATG CATAATTTATTCATTTGTAGAGATAAAGAAATTTATAATTCAAATGAAATAAAATTATTATTTAAT Mutation alignment: CRISPR-generated mutation natural variation gRNA exon |
|
| CRT0022 | RG-PtoR | CTG0022-1 | CGR0022-1 | CRT0022-7-8 (T1 ) |
-2 bp/-2 bp
Is tDNA present: Yes
Mutation sequence: CTCAAGCAAGCTGCAATGGTCCGCAGCGAAAACCCAGTTCTCAAAGAACTAGTGAGGAGTATCAGAAAAGTGGTGAATCG TGCTGAAGATGCTGTTGATAAATTTGTAATTGAAGCTAAAGTTCATAAAGACAAAGGGTTTAAAGGGGTTTTCGATAAAC CTGGACATTATAGAAGAGTGAGGGATGCAGCTGTGGAGATTAAAGGTATCAGAGATAAAATGAGAGAAATTCGGCAAAAT AAGGCACATGGCCTTCAGGCTCTACTTCAAGATCATGATGATTCAATCAGCAGGTGGAGAAGAGAGACAGGTATTGCTTC AAGTCGTTAATTTCGACAAAATTAGCTCATGAAAATATTAGGATCTGGTCAACACACCTATATTTGTGTGGGTTTATATA TTAATTTGATCCACCTAATTCAGATCGTGTAAAAGTTTGAAACCAAATTAACCATGAGACAGGAAGATAAAAGTGAACGA TATATTTATATGAGAACGAATTTTAGCCAACATATCCACAAAATGAGTATTTTATTTGGATTTGAATGAAACATTTGAAT TATTAAGATATTGTTTCTGCATTTAAACACATGCATAATTTATTCATTTGTAGAGATAAAGAAATTTATAATTCAAATGA AATAAA Mutation alignment: CRISPR-generated mutation natural variation gRNA exon |
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