Is tDNA present:

Mutation sequence:

ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGATCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGT
TGTTTACAACAACAATAGGGTTGTCTACCTAGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA
CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTCTAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGA
AATCATTTTGAAGTTGCTTGGAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTATGAGTAGGAGA
ACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGAATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTA
AATATTCTTATTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACTATTTTTTTTGGTGAGACACA
AACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTAGGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC
ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGAGTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAG
TTATGTATTGCGACCCTCCGTATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGTACGTATAGCG
ACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGAGTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATC
CTTCTAATTTCGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCTAGGTTATTTTGCTCTTTATT
TTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAAATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA
CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTTAATATATATATATACTATGCATAGATAATA
ACAACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATATATATCACAG
AGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC

Mutation alignment:

CRISPR-generated mutation  natural variation  gRNA  exon

Wildtype           1 ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGA     50
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation           1 ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGA     50

Wildtype          51 TCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGTTGTTTACAACAACAATAGGG    100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation          51 TCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGTTGTTTACAACAACAATAGGG    100
gRNA                                                         AACAATAGGG

Wildtype         101 TTGTCTACAATGGTTGTGCCTTGAGGCCTTCACAAGTTGTCAACCAACCT    150
                     ||||||                                        ||||
Mutation         101 TTGTCT----------------------------------------ACCT    110
gRNA                 AACAATAGGGTTGTCTACAA

Wildtype         151 AGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA    200
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         111 AGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA    160

Wildtype         201 CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTC    250
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         161 CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTC    210

Wildtype         251 TAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGAAATCATTTTGAAGTTGCTTG    300
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         211 TAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGAAATCATTTTGAAGTTGCTTG    260

Wildtype         301 GAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTAT    350
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         261 GAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTAT    310

Wildtype         351 GAGTAGGAGAACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGA    400
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         311 GAGTAGGAGAACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGA    360

Wildtype         401 ATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTAAATATTCTTA    450
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         361 ATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTAAATATTCTTA    410

Wildtype         451 TTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACT    500
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         411 TTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACT    460

Wildtype         501 ATTTTTTTTGGTGAGACACAAACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTA    550
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         461 ATTTTTTTTGGTGAGACACAAACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTA    510

Wildtype         551 GGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC    600
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         511 GGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC    560

Wildtype         601 ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGA    650
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         561 ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGA    610

Wildtype         651 GTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAGTTATGTATTGCGACCCTCCG    700
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         611 GTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAGTTATGTATTGCGACCCTCCG    660

Wildtype         701 TATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGT    750
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         661 TATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGT    710

Wildtype         751 ACGTATAGCGACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGA    800
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         711 ACGTATAGCGACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGA    760

Wildtype         801 GTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATCCTTCTAATTT    850
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         761 GTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATCCTTCTAATTT    810

Wildtype         851 CGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCT    900
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         811 CGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCT    860

Wildtype         901 AGGTTATTTTGCTCTTTATTTTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAA    950
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         861 AGGTTATTTTGCTCTTTATTTTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAA    910

Wildtype         951 ATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA   1000
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         911 ATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA    960

Wildtype        1001 CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTT   1050
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         961 CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTT   1010

Wildtype        1051 AATATATATATATACTATGCATAGATAATAACAACATATATATATATATA   1100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1011 AATATATATATATACTATGCATAGATAATAACAACATATATATATATATA   1060

Wildtype        1101 TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATA   1150
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1061 TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATA   1110

Wildtype        1151 TATATCACAGAGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC   1187
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1111 TATATCACAGAGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC   1147

Is tDNA present:

Mutation sequence:

ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGATCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGT
TGTTTACAACAACAATAGGGTTGTCTACCTAGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA
CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTCTAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGA
AATCATTTTGAAGTTGCTTGGAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTATGAGTAGGAGA
ACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGAATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTA
AATATTCTTATTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACTATTTTTTTTGGTGAGACACA
AACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTAGGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC
ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGAGTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAG
TTATGTATTGCGACCCTCCGTATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGTACGTATAGCG
ACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGAGTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATC
CTTCTAATTTCGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCTAGGTTATTTTGCTCTTTATT
TTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAAATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA
CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTTAATATATATATATACTATGCATAGATAATA
ACAACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATATATATCACAG
AGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC

Mutation alignment:

CRISPR-generated mutation  natural variation  gRNA  exon

Wildtype           1 ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGA     50
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation           1 ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGA     50

Wildtype          51 TCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGTTGTTTACAACAACAATAGGG    100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation          51 TCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGTTGTTTACAACAACAATAGGG    100
gRNA                                                         AACAATAGGG

Wildtype         101 TTGTCTACAATGGTTGTGCCTTGAGGCCTTCACAAGTTGTCAACCAACCT    150
                     ||||||                                        ||||
Mutation         101 TTGTCT----------------------------------------ACCT    110
gRNA                 AACAATAGGGTTGTCTACAA

Wildtype         151 AGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA    200
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         111 AGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA    160

Wildtype         201 CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTC    250
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         161 CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTC    210

Wildtype         251 TAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGAAATCATTTTGAAGTTGCTTG    300
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         211 TAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGAAATCATTTTGAAGTTGCTTG    260

Wildtype         301 GAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTAT    350
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         261 GAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTAT    310

Wildtype         351 GAGTAGGAGAACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGA    400
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         311 GAGTAGGAGAACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGA    360

Wildtype         401 ATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTAAATATTCTTA    450
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         361 ATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTAAATATTCTTA    410

Wildtype         451 TTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACT    500
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         411 TTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACT    460

Wildtype         501 ATTTTTTTTGGTGAGACACAAACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTA    550
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         461 ATTTTTTTTGGTGAGACACAAACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTA    510

Wildtype         551 GGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC    600
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         511 GGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC    560

Wildtype         601 ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGA    650
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         561 ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGA    610

Wildtype         651 GTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAGTTATGTATTGCGACCCTCCG    700
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         611 GTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAGTTATGTATTGCGACCCTCCG    660

Wildtype         701 TATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGT    750
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         661 TATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGT    710

Wildtype         751 ACGTATAGCGACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGA    800
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         711 ACGTATAGCGACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGA    760

Wildtype         801 GTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATCCTTCTAATTT    850
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         761 GTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATCCTTCTAATTT    810

Wildtype         851 CGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCT    900
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         811 CGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCT    860

Wildtype         901 AGGTTATTTTGCTCTTTATTTTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAA    950
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         861 AGGTTATTTTGCTCTTTATTTTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAA    910

Wildtype         951 ATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA   1000
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         911 ATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA    960

Wildtype        1001 CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTT   1050
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         961 CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTT   1010

Wildtype        1051 AATATATATATATACTATGCATAGATAATAACAACATATATATATATATA   1100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1011 AATATATATATATACTATGCATAGATAATAACAACATATATATATATATA   1060

Wildtype        1101 TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATA   1150
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1061 TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATA   1110

Wildtype        1151 TATATCACAGAGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC   1187
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1111 TATATCACAGAGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC   1147

Is tDNA present:

Mutation sequence:

ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGATCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGT
TGTTTACAACAACAATAGGGTTGTCTACCTAGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA
CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTCTAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGA
AATCATTTTGAAGTTGCTTGGAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTATGAGTAGGAGA
ACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGAATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTA
AATATTCTTATTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACTATTTTTTTTGGTGAGACACA
AACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTAGGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC
ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGAGTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAG
TTATGTATTGCGACCCTCCGTATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGTACGTATAGCG
ACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGAGTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATC
CTTCTAATTTCGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCTAGGTTATTTTGCTCTTTATT
TTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAAATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA
CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTTAATATATATATATACTATGCATAGATAATA
ACAACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATATATATCACAG
AGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC

Mutation alignment:

CRISPR-generated mutation  natural variation  gRNA  exon

Wildtype           1 ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGA     50
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation           1 ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGA     50

Wildtype          51 TCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGTTGTTTACAACAACAATAGGG    100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation          51 TCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGTTGTTTACAACAACAATAGGG    100

Wildtype         101 TTGTCTACAATGGTTGTGCCTTGAGGCCTTCACAAGTTGTCAACCAACCT    150
                     ||||||                                        ||||
Mutation         101 TTGTCT----------------------------------------ACCT    110
gRNA                                               CACAAGTTGTCAACCAACCT

Wildtype         151 AGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA    200
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         111 AGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA    160

Wildtype         201 CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTC    250
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         161 CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTC    210

Wildtype         251 TAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGAAATCATTTTGAAGTTGCTTG    300
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         211 TAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGAAATCATTTTGAAGTTGCTTG    260

Wildtype         301 GAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTAT    350
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         261 GAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTAT    310

Wildtype         351 GAGTAGGAGAACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGA    400
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         311 GAGTAGGAGAACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGA    360

Wildtype         401 ATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTAAATATTCTTA    450
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         361 ATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTAAATATTCTTA    410

Wildtype         451 TTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACT    500
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         411 TTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACT    460

Wildtype         501 ATTTTTTTTGGTGAGACACAAACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTA    550
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         461 ATTTTTTTTGGTGAGACACAAACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTA    510

Wildtype         551 GGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC    600
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         511 GGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC    560

Wildtype         601 ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGA    650
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         561 ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGA    610

Wildtype         651 GTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAGTTATGTATTGCGACCCTCCG    700
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         611 GTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAGTTATGTATTGCGACCCTCCG    660

Wildtype         701 TATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGT    750
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         661 TATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGT    710

Wildtype         751 ACGTATAGCGACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGA    800
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         711 ACGTATAGCGACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGA    760

Wildtype         801 GTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATCCTTCTAATTT    850
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         761 GTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATCCTTCTAATTT    810

Wildtype         851 CGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCT    900
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         811 CGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCT    860

Wildtype         901 AGGTTATTTTGCTCTTTATTTTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAA    950
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         861 AGGTTATTTTGCTCTTTATTTTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAA    910

Wildtype         951 ATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA   1000
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         911 ATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA    960

Wildtype        1001 CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTT   1050
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         961 CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTT   1010

Wildtype        1051 AATATATATATATACTATGCATAGATAATAACAACATATATATATATATA   1100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1011 AATATATATATATACTATGCATAGATAATAACAACATATATATATATATA   1060

Wildtype        1101 TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATA   1150
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1061 TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATA   1110

Wildtype        1151 TATATCACAGAGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC   1187
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1111 TATATCACAGAGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC   1147

Is tDNA present:

Mutation sequence:

ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGATCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGT
TGTTTACAACAACAATAGGGTTGTCTACCTAGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA
CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTCTAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGA
AATCATTTTGAAGTTGCTTGGAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTATGAGTAGGAGA
ACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGAATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTA
AATATTCTTATTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACTATTTTTTTTGGTGAGACACA
AACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTAGGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC
ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGAGTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAG
TTATGTATTGCGACCCTCCGTATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGTACGTATAGCG
ACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGAGTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATC
CTTCTAATTTCGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCTAGGTTATTTTGCTCTTTATT
TTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAAATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA
CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTTAATATATATATATACTATGCATAGATAATA
ACAACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATATATATCACAG
AGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC

Mutation alignment:

CRISPR-generated mutation  natural variation  gRNA  exon

Wildtype           1 ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGA     50
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation           1 ATGCCAAAAGATCCTCTAATAGTTTCTGGAGTTGTTGGAGATGTTGTGGA     50

Wildtype          51 TCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGTTGTTTACAACAACAATAGGG    100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation          51 TCCATTCATAAGGTGTGTGGAGTTTAGTGTTGTTTACAACAACAATAGGG    100

Wildtype         101 TTGTCTACAATGGTTGTGCCTTGAGGCCTTCACAAGTTGTCAACCAACCT    150
                     ||||||                                        ||||
Mutation         101 TTGTCT----------------------------------------ACCT    110
gRNA                                               CACAAGTTGTCAACCAACCT

Wildtype         151 AGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA    200
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         111 AGGGTTGACATTGGTGGAGATGATCTTCGCACTTTTTACACTCTGGTAAA    160

Wildtype         201 CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTC    250
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         161 CTTGTCGTCCTATTTTATACGATATATTTTTCTTTTTTTAATGCGTTCTC    210

Wildtype         251 TAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGAAATCATTTTGAAGTTGCTTG    300
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         211 TAACGTCATTAGCTTCGTTTTTTTTTTTGAAATCATTTTGAAGTTGCTTG    260

Wildtype         301 GAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTAT    350
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         261 GAATAGTTTAAGCAATTCACGCAATCGTATACCTTTTATTCATTGATTAT    310

Wildtype         351 GAGTAGGAGAACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGA    400
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         311 GAGTAGGAGAACAAAAGCTAACATATATGTAAAGGTTTATAATTCTGCGA    360

Wildtype         401 ATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTAAATATTCTTA    450
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         361 ATTGTGCTGGTTCTAATTTTGATAAATTACATTTTAACTAAATATTCTTA    410

Wildtype         451 TTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACT    500
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         411 TTATATTTACATTTTATCCTATTACTTTTTAAAAATTACGAATATATACT    460

Wildtype         501 ATTTTTTTTGGTGAGACACAAACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTA    550
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         461 ATTTTTTTTGGTGAGACACAAACGGAGGGTTGCTTGATACATAACTTTTA    510

Wildtype         551 GGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC    600
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         511 GGCGCGACACATAACTCATATATATCGCGACTACACGATAAATCACGTGC    560

Wildtype         601 ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGA    650
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         561 ATAGACATATATTTGAACGATTTATTAACATGTACTTATATGTATCTGGA    610

Wildtype         651 GTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAGTTATGTATTGCGACCCTCCG    700
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         611 GTGTTACTTGAGTTCTGTATCGTACCCAAGTTATGTATTGCGACCCTCCG    660

Wildtype         701 TATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGT    750
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         661 TATGTAACTAGAGGGTTTCTTGAGTTATTTATCGGGCCGAAGTTATATGT    710

Wildtype         751 ACGTATAGCGACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGA    800
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         711 ACGTATAGCGACCCTCCATATTGTATCACGCAATTAGTGTGATATGAGGA    760

Wildtype         801 GTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATCCTTCTAATTT    850
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         761 GTAATTAACTCCTTTAGTACTGTATTTTATGTAATTTATCCTTCTAATTT    810

Wildtype         851 CGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCT    900
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         811 CGATTCAGCAACATCATATTATACATTTGGATAGACAATATATGGTATCT    860

Wildtype         901 AGGTTATTTTGCTCTTTATTTTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAA    950
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         861 AGGTTATTTTGCTCTTTATTTTCTTAATTTTGGATTTCAAGATATTTGAA    910

Wildtype         951 ATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA   1000
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         911 ATATTCTTCTCTTTAATTTGGAAGATTATGGTGGATCCTGATGCTCCAAA    960

Wildtype        1001 CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTT   1050
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation         961 CCCTAGCAACCCAAATCTGAGGGAGTATCTACACTGGTAACTCTAACTTT   1010

Wildtype        1051 AATATATATATATACTATGCATAGATAATAACAACATATATATATATATA   1100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1011 AATATATATATATACTATGCATAGATAATAACAACATATATATATATATA   1060

Wildtype        1101 TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATA   1150
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1061 TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTATA   1110

Wildtype        1151 TATATCACAGAGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC   1187
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mutation        1111 TATATCACAGAGAGTGTGAGAGAGATATATTATAAAC   1147